STAB
Spatio-Temporal cell Atlas of the human Brain
实验室简介
生物医学人工智能实验室聚焦于人工智能与生物医学交叉研究,团队成员来自计算机、数学、生物、物理等不同学科背景。实验室基于多模态生物医学大数据,面向健康风险预测、智能诊疗及干预、预后评估等发展和应用人工智能算法理论与技术。近年来,围绕生物医学大数据的特点,发展了一系列人工智能算法,已成功应用于脑-肠轴、脑发育和脑疾病等场景中,相关工作发表于Nature、Science、Cell、Cell Metabolism、IEEE TPAMI、Molecular Psychiatry、Nature Communications等期刊,曾获吴文俊人工智能自然科学一等奖和教育部自然科学二等奖,承担了国家重点研发计划课题、国家自然科学基金重点和面上、上海市重大科技专项子课题等项目。
生物医学人工智能实验室是一个团结向上、活泼奋进的科研团队,有兴趣的应聘者可将自己的简历发给赵兴明教授。期待你们的加入!
研究方向
依托自产和国内外主流公共数据平台的基因组学、转录组学、代谢组学数据,基于长、短读段测序数据开发算法识别中国人群脑疾病遗传风险基因和变异,基于分子多组学探究脑疾病的新型致病机制,发展分子诊断算法,研究基于大数据的新型诊疗方法。
依托自产和国内外主流公共数据平台的磁共振脑影像、基因组学、电子病历、行为量表、环境因素等数据,开发基于机器学习和深度学习的影像-分子-行为等跨模态数据的整合算法,挖掘脑疾病的风险因素,为脑疾病的智能诊断提供基础。
依托自产和公共数据平台的微生物组学数据、代谢组学数据、磁共振影像数据等,开展整合长、短读段测序数据的宏基因组数据分析和算法开发、微生物物种识别与基因功能解析、病毒-细菌相互作用预测、微生物组学与影像/行为/基因组学关联分析算法开发等研究。
2023年5月4日,实验室团队在Gut Microbes期刊发表题为Performance of Gut Microbiome as an Independent Diagnostic Tool for 20 Diseases: Cross-Cohort Validation of Machine-Learning Classifiers的文章。
2023年4月27日, 实验室团队在《生物信息学简讯》(Briefings in Bioinformatics)杂志在线发表了题为《基因组解析肠道宏基因组学的计算策略研究》(“A survey on computational strategies for genome-resolved gut metagenomics”)的文章。
2023年2月2日,实验室团队在《生物信息学简报》 (Briefings in Bioinformatics) 杂志上在线发表了题为《解读人脑结构和功能的遗传结构:神经影像基因组学最新进展综述》 (“”Deciphering the genetic architecture of human brain structure and function: a brief survey on recent advances of neuroimaging genomics ") 的研究成果。
2023年1月26日,实验室与合作团队在Nature Communications杂志上发表了两篇题为TadA orthologs enable both cytosine and adenine editing of base editors及TadA reprogramming to generate potent miniature base editors with high precision的论文。
2022年11月14日,实验室团队在Genome Biology期刊发表题为metaMIC: Reference-free Misassembly Identification and Correction of de novo metagenomic assemblies的文章。研究团队提出了一种无参的宏基因组组装错误识别以及校正工具metaMIC,能够精确定位组装重叠群(contig)上可能的错误区域。
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