STAB
Spatio-Temporal cell Atlas of the human Brain
实验室简介
生物医学人工智能实验室聚焦于人工智能与生物医学交叉研究,团队成员来自计算机、数学、生物、物理等不同学科背景。实验室基于多模态生物医学大数据,面向健康风险预测、智能诊疗及干预、预后评估等发展和应用人工智能算法理论与技术。近年来,围绕生物医学大数据的特点,发展了一系列人工智能算法,已成功应用于脑-肠轴、脑发育和脑疾病等场景中,相关工作发表于Nature、Science、Cell、Cell Metabolism、IEEE TPAMI、Molecular Psychiatry、Nature Communications等期刊,曾获吴文俊人工智能自然科学一等奖和教育部自然科学二等奖,承担了国家重点研发计划课题、国家自然科学基金重点和面上、上海市重大科技专项子课题等项目。
生物医学人工智能实验室是一个团结向上、活泼奋进的科研团队,有兴趣的应聘者可将自己的简历发给赵兴明教授。期待你们的加入!
研究方向
致力于开发面向单细胞与空间组学数据的新型算法:(1)开发基于AI的单细胞空间组学数据整合挖掘算法,揭示跨尺度多维度分子信息;(2)构建脑组织的细胞时空图谱,精准鉴定细胞亚型,重构细胞间相互作用,解析细胞亚群在脑发育和脑疾病中的作用和机制;(3)与合作者发展单细胞空间组学测序新技术,推动神经科学研究和精准医疗的发展。
基于自产和国内外主流公共数据平台的长短读基因组、代谢组、蛋白组、行为量表数据,依托张江国际脑库采集与收录的海量磁共振脑影像数据:(1)开发算法识别影像-遗传多模态脑疾病早期诊疗标记物、鉴定中国人群遗传风险特征;(2)探究脑疾病的遗传共性及其与衰老的关联;(3)发展基于AI的医学影像诊断模型、多模态新型治疗干预方法等
依托自产和公共数据平台的海量微生物基因组、代谢组等数据:(1)研发长短读段测序数据、多组学数据融合的宏基因组数据组装分析流程与新型算法;(2)识别微生物物种、鉴定新基因、新蛋白;(3)研发病毒-细菌相互作用预测方法;(4)开展微生物多组学与宿主疾病/行为/基因组关联分析及疾病分型等研究。
2024年8月31日,复旦大学类脑智能科学与技术研究院生物医学人工智能团队青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略(Luis Pedro Coelho)、特聘教授赵兴明团队,与皮尔·伯克(Peer Bork)团队合作研究,在Nature Communications上发表了题为《A catalog of small proteins from the global microbiome》的研究论文。
2024年6月26日,复旦大学赵兴明教授团队在Science Advances上发表了题为Long-read sequencing reveals extensive gut phagenome structural variations driven by genetic exchange with bacterial hosts的研究论文。
2024年6月21日,复旦大学赵兴明教授团队的研究工作“VirRep: a hybrid language representation learning framework for identifying viruses from human gut metagenomes”被Genome Biology录用。
北京时间2024年6月6日,复旦大学类脑智能科学与技术研究院生物医学人工智能团队赵兴明教授以及青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略(Luis Pedro Coelho),与来自美国与德国的科学家合作研究,在Cell主刊上发表了题为Discovery of antimicrobial peptides in the global microbiome with machine learning的研究论文。
2024年1月19日,复旦大学赵兴明教授实验室与合作团队在Advanced Science上发表题为Efficient Recovery of Complete Gut Viral Genomes by Combined Short- and Long-Read Sequencing的研究论文。
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