祝贺实验室论文发表于Genome Biology|人类泛癌-肠道微生物数据库

近年来，肠道微生物群被报道在癌症进程、诊断和治疗中起着关键作用。然而，目前没有专门针对大量级的泛癌肠道微生物数据平台。因此，本团队构建了人类癌症相关的肠道微生物数据平台HGMT，统一处理了来自37种肿瘤类型的18630份人类粪便样本，涉及45个宏基因组测序项目数据集、74个扩增子数据集和3个真菌数据集。特别地，HGMT包括来自12种肿瘤类型的免疫治疗患者的2207份样本。

HGMT数据库目前是覆盖癌种最广的肠道微生物数据平台，不仅囊括最新工具注释的多界物种丰度，还有基于组装后的功能丰度。此外，我们比较了多个数据集间的差异丰度菌，并提供了个性化可视化界面，识别到一簇在健康人群富集的差异丰度菌在多种癌症中高度一致，且这些菌群有利于免疫疗法反应。这些菌呈现出的泛癌模式，可能标志着多种癌症影响肠道菌群的共通机制。最后，我们整合肠道微生物群的alpha多样性、beta多样性、差异丰度物种、分类器性能这4种场景的表现，直观地评估肠道微生物群对肿瘤诊断（GMTD评分：肿瘤vs健康）和预后（GMTP评分：ICI应答vs无应答）的能力。我们发现：1）肠道微生物组在肿瘤诊断中的表现：胃肠道肿瘤>良性胃肠道肿瘤>脑肿瘤等其他肿瘤类型；2）肠道微生物组对肿瘤预后的影响：非小细胞肺癌 >> 黑色素瘤,肾细胞癌>胃肠道肿瘤。

综上所述， HGMT作为探索不同肿瘤类型中宿主-微生物组相互作用的宝贵资源，可推动基于肠道宏基因组的肿瘤免疫治疗的转化研究。

这一项成果以《HGMT: a database of human gut microbiota for tumors and immunotherapy response》为题，已于2025年11月24日发表在Genome Biology期刊。复旦大学博士生刘金鑫、华中科技大学博士生王铭宇为本文共同第一作者。复旦大学赵兴明教授、杨禹丞副研究员，与华中科技大学陈卫华教授为本论文共同通讯。该论文受到国家重点研发计划、国家自然科学基金委、上海市科技委员会等经费资助。

原文链接：https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-025-03865-3#Fun