祝贺实验室论文被Genome Biology录用 | 开发了一种基于语言表示学习的人类肠道病毒基因组识别方法

从宏基因组测序数据中识别病毒基因组序列是研究人类肠道病毒组成的常用方法。尽管涌现出许多相关计算工具，如何高效精准地从宏基因组样本中识别病毒序列仍然面临较大挑战。2024年6月21日，复旦大学赵兴明教授团队的研究工作“VirRep: a hybrid language representation learning framework for identifying viruses from human gut metagenomes”被Genome Biology录用。

研究团队开发了一种人类肠道微生物基因组语言混合表征学习框架VriRep，能够整合基因组的语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环境中的病毒基因组。在不同病毒含量占比的多个模拟和真实数据上的测试结果表明，VirRep显著优于现有方法及其组合。

实验室博士研究生董彦祺为本文第一作者，赵兴明教授、华中科技大学陈卫华教授为本文的通讯作者。本课题受到国家重点研发计划，国家自然科学基金等经费资助。